Действительно, отопление двухэтажного дома - это довольно сложный вопрос. Лично я видел решения подобных вопросов с использованием печей, подключенных к радиаторам отопления. Естественно, надо обязательно следить за уровнем теплоносителя и за отсутствием завоздушивания данной системы. Но только подобное решение вопроса позволит не ставить отдельную печь на каждом этаже, и обеспечить нормальное отопление. А вот с каналами дымохода вы нормальное отопление не обеспечите. У вас второй этаж будет значительно прохладнее первого. Особенно это будет чувствоваться во время сильного ветра.