Все зависит от того, какая у вас система подачи теплоносителя. Если принудительная, то, в принципе, разницы никакой нет. Тут можно исходить от любых ваших пожеланий, ну и от размеров площади котельной. Если же подача естественная, то чем ниже будет установлен котел, тем лучше будет циркуляция. Обычно, в таких случаях, котел стараются даже немного углубить